在性交过程中，病毒通过正常人皮肤粘膜表面与患者皮肤粘膜表面或分泌物的直接接触进入正常细胞，病毒在细胞内繁殖扩增，此过程即急性感染期，可以没有任何自觉症状。病毒在局部繁殖导致感觉神经末梢感染，随后病毒通过感觉神经逆轴索运行至神经元，进入背根神经节，经短暂复制（2～3天）后进入潜伏感染状态。此时被感染的细胞并不会死亡，病毒基因以抑制状态存在于被感染细胞内，细胞的存活与功能不受影响，并可维持数年乃至终生。在合适的条件下，如患者外伤、月经来潮及免疫抑制等情况下，病毒可以被激活，从背根神经节释放出来，感染并破坏皮肤或粘膜细胞，形成溃疡。由于病毒通过细胞间感染并可潜伏于背根神经节内，所以可以在很大程度上逃避机体的免疫反应，从而使皮损反复发作。

    HSV潜伏感染的模式可能是：HSV进入神经元后，具有重要转录调节作用的α基因表达受到抑制，多种刺激因素可激活潜伏的病毒基因组进入复制周期，除病毒DNA拷贝数增加外，尚需宿主转录因子的参与才可完全激活病毒基因组，而病毒复制激活后能否导致感染，取决于毒株是否具有复制所必须的全部基因以及这些基因的表达是否充分。在潜伏病毒的激活过程中，DNA的复制是一个决定性的因素。